Valahol Oroszország területén, egy City 17 nevű városban G-Man, titokzatos felettesünk „felébreszt” bennünket, és az időlassító kapszulából kivéve, amibe az első rész végén helyezett minket, egy, a városba tartó szerelvényre helyez. Kivetítőket látunk, rajtuk egy ősz férfi arca, aki hosszú monológokat szaval az újonnan érkezett polgároknak. Találkozunk a mogorva őrökkel, akik már azért is a sokkolójukat csattogtatják, ha túl közel kerülünk hozzájuk. Az összes ember emlékezetkiesésben szenved, senki nem beszél senkivel. Mi ez? Hová kerültünk? Gordon Freeman még nem tudhatja, hogy a black-mesai hét órás háború óta közel négy év telt el, és most újra azzal a Társulással kell szembenéznie, ami annak idején a Xen bolygót szállta meg, most pedig a Földet fegyegeti. Freeman még csak nem is sejti, hogy szinte mindenki ismeri őt, és hamarosan a felkelők maroknyi csapatai mind a megváltót látják benne. Viszont a városból kifelé haladva egyre több, a Xen bolygóról származó lénnyel találkozunk, a képernyőkről újra és újra visszaköszönő szakállas, ősz férfi pedig egyre ellenségesebbé válik...